La pergamena rivela la presenza di un Oratorio, restaurato nel 1466, un pozzo, una lapide, un sepolcro ed altri oggetti che provano l’esistenza di un villaggio forse ancora più antico del comune di Merlino.
La devozione a San Giovanni Battista risale a circa il 1500 ma è solo nel 1738 che per la prima volta la cronaca parrocchiale fa riferimento alle prime Grazie ottenute per intercessione del Santo da alcuni fedeli che si sono bagnati o hanno bevuto l’acqua delle vasche.
Si tratta di due vasche poste ai lati della chiesa: una sana e integra e una crepata, spezzata in cinque punti. Alla prima accorrono in molti per attingere l’acqua miracolosa che fuoriesce dal rubinetto. Sopra questa vasca si trova un’antica lapide con la scritta: “di San Giovanni il fonte ha due Palme/lava il morbo alle membra e il vizio all’alme”
La seconda vasca, quella crepata, è la vasca storica per eccellenza, dalla quale sarebbe scaturita la prima fonte. È sicuramente la più famosa tra le due perché sulla lapide si può leggere questa frase: “è una delle due antiche vasche. Secondo la tradizione un cacciatore vi portò il suo cane malato dicendo: O san Giuan, se te fè guarì i cristian fa guarì anca el me can. (O san Giovanni se fai guarire i cristiani, fa guarire anche il mio cane). Appena vi immerse il cane la vasca si spaccò.”
Due secoli dopo, Antonio Maria Pozzoli, Parroco di Merlino dal 1698 al 1703 segnala di aver visto, su un pilastro esterno della chiesa, la data 1466, insieme all’immagine di San Bernardino da Siena. Sotto il dipinto si intravedeva un precedente strato di calcina “pitturata” che lasciava intendere che la chiesa era stata restaurata e ridipinta, e che in tale occasione l’immagine originale del santo venne sostituita dal nuovo affresco, presumibilmente nella seconda metà del quattrocento.
Nel 1744 il Vescovo di Lodi, Giuseppe Gallerati, scrive un a lunga relazione sulla gran quantità di Grazie Ricevute appese alle pareti del santuario, segno di una forte devozione e di molte guarigioni dovute alla preghiera e all’intercessione del santo.
Negli anni ’50 del ‘900 don Paolo Tinelli, coadiutore di Merlino diede un particolare risveglio di pietà e devozione al santuario. Durante questo periodo il Vescovo di Lodi, Tarcisio Vincenzo Benedetti, rettore del santuario, contribuì a rivalutare e riaffermarne l’importanza. I parroci che si sono succeduti nel ‘900 hanno apportato alcune modifiche, che hanno reso il santuario così come lo conosciamo.
Giovanni Battista Montini, cardinale di Milano e futuro Papa Paolo VI, fu molto devoto a questo Santuario. Una volta al mese, a sera inoltrata, da Milano vi si recava, e rimaneva in ginocchio, per un’ora, davanti alla porta chiusa, in preghiera, in ringraziamento per il bene ricevuto.
Paolo VI fu anche un benefattore: nel 1972, già Papa, donò al parroco don Felice Marzatico, un milione di lire per contribuire al restauro del Santuario.
Ancora oggi il santuario è meta di pellegrinaggi per la devozione dei fedeli che arrivano dal lodigiano, dal cremasco e dal milanese. Il santuario apre ogni anno il lunedì di Pasqua e rimane aperto fino alla seconda domenica di settembre. Le sante Messe vengono celebrate il martedì alle 21.00 e la domenica alle 18.00.
La festa si svolge il 24 giugno, giorno della nascita di San Giovanni.